- Oggetto:
- Oggetto:
Analisi genomica applicata
- Oggetto:
Anno accademico 2008/2009
- Codice dell'attività didattica
- S1077
- Docente
- Dott. Cinzia COMINO (Affidamento)
- Corso di studi
- [f001-c207] laurea spec. in biotecnologie agrarie vegetali
- Anno
- 1° anno
- Tipologia
- B - Caratterizzante
- Crediti/Valenza
- 4
- SSD dell'attività didattica
- AGR/07 - genetica agraria
- Oggetto:
Sommario insegnamento
- Oggetto:
Obiettivi formativi
Offrire agli studenti le conoscenze del sequenziamento del genoma nelle specie vegetali- Oggetto:
Risultati dell'apprendimento attesi
Al termine del corso lo studente sarà in grado di conoscere le diverse tecniche per il sequenziamento dei genomi vegetali e di applicare le tecniche svolte nel corso delle esercitazioni- Oggetto:
Programma
Lezioni teoriche
- Progetti genoma e obiettivi comuni ai progetti
- Mappe genetiche, mappe fisiche e citologiche. Tecnica FISH
- Sequenziamento DNA: metodo Sanger
- Altre tecniche di sequenziamento (anche definiti ULCS: Ultra-low-cost-sequencing): 1. metodi microelettroforetici; 2. sequenziamento tramite ibridazione; 3. osservazioni real-time di singole molecole; 4. sequenziamento cyclic-arrayLibrerie genomiche e librerie a cDNA
- Vettori di clonaggio: plasmidi, batteriofagi, cosmidi, PAC, BAC, YAC
- Sequenziamento del genoma: metodo gerarchico, metodo shotgun
- Progetti genoma nelle piante
Richiami sulla tecnica AFLP (amplified fragment length polymorphism):
- Protocollo AFLP: preparazione del DNA stampo, amplificazione e analisi degli amplificati;
- principi del metodo, qualità del DNA, dimensione dei genomi analizzabili, restrizione e ligazione contemporanea, ottimizzazione delle condizioni di amplificazione, utilità dell’utilizzo contemporaneo di due enzimi di restrizione;
- applicazione della tecnica per il fingerprinting di genomi semplici, valutazione del numero di frammenti attesi;
- applicazione della tecnica per il fingerprinting di genomi complessi, utilità dell’introduzione della fase di pre.amplificazione
- polimorfismi rilevabili
- sistemi di analisi degli amplificati, utilizzo di marcatura radioattiva, marcatura fluorescente o mediante digossigenina, utilizzo di primer non marcati e colorazione mediante tecnica silver staining
Tecniche AFLP derivate:
- SAMPL (selective amplification of polymorphic loci) ed M-AFLP (microsatellite-AFLP): principi dei metodi, utilizzo di primer dotati di sequenze ripetute per l’isolamento di sequenze microsatellite, principali applicazioni in campo vegetale;
Esercitazioni pratiche
1) Applicazione della tecnica AFLP in specie ortive:
- definizione del protocollo
- restrizione e ligazione del DNA genomico
- preamplificazione e controllo degli amplificati su gel di agarosio
- amplificazione mediante l’utilizzo di primer caratterizzati da un diverso numero di nucleotidi selettivi e controllo degli amplificati su agarosio
- analisi degli amplificati su gel di poliacrilammide (gel casting e corsa elettroforetica)
- colorazione del gel mediante silver staining;
- analisi dei profili elettroforetici ottenuti
2) Amplificazione SNPs con tecnica Tetra primers ARMS-PCR
3) Isolamento di promotori da librerie genomiche
Testi consigliati e bibliografia
- Oggetto:
- Non esiste un testo unico in cui siano riportati in maniera adeguata tutti gli argomenti trattati nel modulo. Alcune parti del programma possono essere ricavate dal volume e dalle pubblicazioni di seguito riportate:
- Vos P, Hogers R, Bleeker M, Reijans M, Van Der Lee T, Hornes M, Frijters A, Pot J, Peleman J, AFLP: a new technique for DNA fingerprinting, Nucleic Acids Resources 23 (21), 4407-4414.
-Introduzione alla genomica G. Gibson, S.V. Muse. Ed. Zanichelli
-Genetica e genomica G. Barcaccia, M. Falcinelli vol.3. Ed. Liguori - Oggetto:
Note
Ore di lezione: 30 ore
Ore esercitazione: 10 ore
Modalità desame: scritto- Oggetto: